Nachdem im Europäischen Patentblatt die Veröffentlichung des Recherchenberichts bekannt gemacht wurde, hat der Anmelder sechs Monate Zeit, einen Prüfungsantrag zu stellen. In der Prüfungsphase prüft das EPA, ob die Anmeldung und die ihr zugrunde liegende Erfindung die Erfordernisse des EPÜ erfüllen und ob die Erfindung in Anbetracht des in der Recherchenphase erstellten Recherchenberichts patentierbar ist.
Für jede Anmeldung ist eine Prüfungsabteilung mit drei Mitgliedern zuständig. Sie besteht aus dem Prüfer, der zuvor die Recherche durchgeführt hat (erstes Mitglied), und zwei weiteren Prüfern, die vom jeweiligen Direktor bestimmt werden (zweites Mitglied und Vorsitzender).
Die Prüfungsabteilung:
Reicht der Anmelder eine Entgegnung ein, so wird die Anmeldung erneut geprüft, um festzustellen, ob er die erhobenen Einwände ausgeräumt hat, sei es durch Änderungen oder durch Darlegung, warum die Einwände ungerechtfertigt waren. Für den weiteren Verlauf des Verfahrens gibt es drei Möglichkeiten:
Erläuterungen
Die Mitglieder der Prüfungsabteilung können sich untereinander über die Erteilung des Patents beraten und entweder den Erteilungsbeschluss bestätigen oder den Erlass eines Bescheids beschließen (z. B. wenn der Vorsitzende der beanspruchten Erfindung den erfinderischen Charakter abspricht).
Entgegnungen sind von den Anmeldern normalerweise schriftlich einzureichen, doch kann ein Fall auch im persönlichen Gespräch zwischen dem Anmelder und der Prüfungsabteilung erörtert werden.
Eine mündliche Verhandlung kann jederzeit beantragt werden und sollte entweder zur Erteilung des Patents oder zur Zurückweisung der Anmeldung führen.
Beschließt der erste Prüfer die Erteilung des Patents, so legt er den anderen beiden Mitgliedern der Prüfungsabteilung eine schriftliche Begründung der Patentierbarkeit zur Zustimmung vor. Die Fassung, in der das Patent erteilt werden soll, einschließlich der vom ersten Prüfer vorgenommenen Änderungen, wird dem Anmelder mitgeteilt. Damit ist das Verfahren normalerweise abgeschlossen.
Wenn die Anmeldung fallen gelassen wird, braucht der Prüfer nicht tätig zu werden. Wird sie zurückgewiesen, so verfasst er eine begründete Entscheidung. Diese kann mit einer Beschwerde angefochten werden.
Nachdem die Fassung, in der das Patent erteilt werden soll, dem Anmelder mitgeteilt worden ist, muss dieser verschiedene Formalitäten erledigen (Gebühren zahlen, Übersetzungen einreichen usw.). Er kann auch in diesem Stadium noch geringfügige Änderungen beantragen, woraufhin der Prüfer erneut tätig werden muss, bevor das erteilte Patent veröffentlicht wird.