Le Directeur exécutif de l'Académie est nommé par le Président de l'OEB.
Le Conseil consultatif académique se compose du Directeur exécutif de l'Académie, des Directeurs de l'Académie, du Président du jury de l'examen européen de qualification, du Président de l'epi, de deux agents de l'Office, d'un maximum de quatre experts de l'enseignement et de la formation en matière de propriété intellectuelle originaires des Etats membres de l'Organisation européenne des brevets (nommés par le Conseil de surveillance), d'un maximum de six experts représentant les organisations européennes et internationales ainsi que les instituts d'enseignement de renom dans le domaine de la propriété intellectuelle au niveau européen (nommés par le Président de l'OEB), et de deux agents de l'OEB nommés par le comité central du personnel. Présidé par le Directeur exécutif de l'Académie, le Conseil consultatif académique émet des avis en ce qui concerne le programme de travail annuel, les politiques d'enseignement et de formation et les directives, et formule des recommandations et des propositions appropriées.