Mehr als 20 Staaten kamen im Jahr 1973 zu einer Diplomatischen Konferenz in München zusammen, um über die Einführung eines europäischen Patenterteilungsverfahrens zu beraten. Am Ende dieser Konferenz unterzeichneten 16 Teilnehmer das Europäische Patentübereinkommen. Vier Jahre später, am 7. Oktober 1977, trat dieses Übereinkommen in Kraft. Damit konnte auch das Europäische Patentamt in München als Erteilungsbehörde seine Arbeit aufnehmen.
Am 1. Juni 1978 beantragten die ersten Anmelder europäischen Patentschutz. Im selben Jahr kamen die Standorte Berlin und Den Haag, ursprünglich Sitz des Internationalen Patentinstituts, hinzu.
Anfang der neunziger Jahre wurde der Standort Wien errichtet, der das dort bereits ansässige Internationale Patentdokumentationszentrum aufnahm. Auch in Brüssel eröffnete das EPA eine kleine Repräsentanz, um die Beziehungen zur Europäischen Kommission auszubauen. Neben allen 27 Mitgliedstaaten der EU gehören auch Albanien, Island, Kroatien, Liechtenstein, die ehemalige jugoslawische Republik Mazedonien, Monaco, Norwegen, San Marino, die Schweiz, Serbien und die Türkei der Europäischen Patentorganisation an.