Damit konnte auch das Europäische Patentamt in München als Erteilungsbehörde seine Arbeit aufnehmen. Am 1. Juni 1978 beantragten die ersten Anmelder europäischen Patentschutz. Im selben Jahr kamen die Standorte Berlin und Den Haag, ursprünglich Sitz des Internationalen Patentinstituts, hinzu. 1979 lagen bereits über 10 000 europäische Anmeldungen vor. Die ersten Patente erteilte das EPA 1980.
Die Anmeldezahlen spiegeln die steile Entwicklung des Amtes wider: 1983 wurde die 100 000ste Anmeldung eingereicht und es dauerte weitere neuen Jahre, bis die Marke 500 000 Anmeldungen überschritten war. Im Jahr 1998 erreichte die Zahl der Anmeldungen schließlich die Millionengrenze.
Anfang der neunziger Jahre wurde der Standort Wien errichtet, der das dort bereits ansässige Internationale Patentdokumentationszentrum aufnahm. Auch in Brüssel eröffnete das EPA eine kleine Repräsentanz, um die Beziehungen zur Europäischen Kommission auszubauen. Allein seit 2002 sind dem Europäischen Patentübereinkommen weitere 12 Staaten beigetreten, was die Stärke des europäischen Patentsystems belegt.