Das EPA hat seine Zuständigkeit als ISA unter bestimmten Voraussetzungen eingeschränkt. So führt es keine internationalen Recherchen für internationale Anmeldungen durch, die von Staatsangehörigen der Vereinigten Staaten von Amerika oder Anmeldern, die dort ihren Sitz oder Wohnsitz haben, beim Patent- und Markenamt der Vereinigten Staaten (USPTO) als Anmeldeamt eingereicht wurden, wenn diese Anmeldungen einen oder mehrere Ansprüche enthalten, die sich auf Geschäftsmethoden beziehen, so wie sie in Anhang A der Vereinbarung EPO - WIPO definiert sind.
ABl. 2010, 304
Außerdem ist das EPA für Anmeldungen, bei denen das IB als Anmeldeamt tätig war, nicht als ISA zuständig, wenn die internationale Anmeldung beim USPTO als Anmeldeamt hätte eingereicht werden können, es sei denn, mindestens einer der Anmelder ist Staatsangehöriger eines EPÜ-Vertragsstaats oder hat dort seinen Sitz oder Wohnsitz (vgl. 43).
Auch bei internationalen Anmeldungen, die eine Geschäftsmethode zum Gegenstand haben und nicht in den Bereich der beschränkten Zuständigkeit fallen, kann das EPA es aus den nachstehend genannten Gründen ablehnen, eine (vollständige) internationale Recherche durchzuführen (vgl. 255).