Es gibt verschiedene Gründe, aus denen das EPA als ISA es ablehnen oder außerstande sein kann, eine (vollständige) internationale Recherche durchzuführen. Solche Gründe können z. B. der Anmeldungsgegenstand (vgl. 254), ein Verstoß gegen die Erfordernisse für Beschreibung, Ansprüche oder Zeichnungen (vgl. 257), ein fehlendes Sequenzprotokoll (vgl. 260) oder die mangelnde Einheitlichkeit der Erfindung (vgl. 262 ff.) sein.
Im (weiteren) Verfahren in der internationalen Phase ist zu beachten, dass das EPA als IPEA keine internationale vorläufige Prüfung für Ansprüche durchführt, die sich auf Erfindungen beziehen, für die kein ISR erstellt worden ist (vgl. 382). Dies gilt auch für gemäß Artikel 34 PCT eingereichte Änderungen und/oder Gegenvorstellungen.