Ist das EPA als SISA der Auffassung, dass die internationale Anmeldung mehr als eine Erfindung beansprucht, so führt es - unter Angabe der Gründe - nur für die Teile der Anmeldung eine Recherche durch, die sich auf die Haupterfindung, d. h. auf die in den Ansprüchen zuerst genannte Erfindung, beziehen. Hat die ISA jedoch bereits einen Einwand wegen mangelnder Einheitlichkeit erhoben und hat der Anmelder bei Einreichung des SIS-Antrags angegeben, für welche der im ISR festgestellten Erfindungen ein SISR erstellt werden soll, so verfährt das EPA als SISA folgendermaßen:
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Beschränkung der Recherche auf diese Erfindung, wenn es mit der Feststellung der ISA einverstanden ist
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Berücksichtigung der Wünsche des Anmelders soweit möglich, wenn dem von der ISA erhobenen Einwand wegen mangelnder Einheitlichkeit nicht gefolgt wird, aber ein anderer Einwand wegen mangelnder Einheitlichkeit erhoben wird
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Durchführung einer vollständigen Recherche, wenn es das Erfordernis der Einheitlichkeit als erfüllt betrachtet
Stellt das EPA als SISA mangelnde Einheitlichkeit fest, so kann der Anmelder nicht wie im Verfahren vor der ISA zusätzliche Recherchengebühren entrichten, um die Durchführung weiterer Recherchen zu erreichen (vgl. 262). Allerdings kann der Anmelder beantragen, dass die Feststellung mangelnder Einheitlichkeit innerhalb eines Monats nach dem Zeitpunkt der Zustellung des SISR überprüft wird, sofern innerhalb derselben Frist die vom EPA festgelegte Überprüfungsgebühr entrichtet wird. Die Überprüfungsgebühr ist direkt an das EPA zu entrichten. Erachtet die Überprüfungsstelle den Einwand wegen mangelnder Einheitlichkeit als (teilweise) berechtigt, wird ein revidierter SISR erstellt, in dem das Ergebnis des Überprüfungsverfahrens berücksichtigt ist.
Bei Eintritt in die europäische Phase prüft das EPA als Bestimmungsamt/ausgewähltes Amt, ob die Anmeldung, für die es als SISA tätig war - und die in der Zwischenzeit geändert worden sein kann -, das Erfordernis der Einheitlichkeit der Erfindung erfüllt, und ob die Erfindung, für die Patentschutz angestrebt wird, vom SISR abgedeckt ist. Ist dies nicht der Fall, fordert die Prüfungsabteilung den Anmelder auf, die Anmeldung auf eine einzige, vom SISR abgedeckte Erfindung zu beschränken. Etwaige weitere Erfindungen können in der europäischen Phase nur durch Einreichung einer Teilanmeldung weiterverfolgt werden (vgl. 645).