Ist das EPA als IPEA der Auffassung, dass die internationale Anmeldung nicht einheitlich ist, so fordert es den Anmelder in der Regel auf, entweder die Ansprüche einzuschränken, um so die Einheitlichkeit herzustellen, oder zusätzliche vorläufige Prüfungsgebühren zu entrichten, soweit die Erfindungen recherchiert worden sind.
Erfüllt der Anmelder die Erfordernisse für eine Ermäßigung der Gebühr für die vorläufige Prüfung, gelten etwaige zusätzliche Gebühren bei Zahlung der ermäßigten Summe als wirksam entrichtet (vgl. 355).
Entrichtet der Anmelder eine oder mehrere zusätzliche Gebühren für die vorläufige Prüfung fristgerecht, werden auch die Teile der Anmeldung geprüft, für die zusätzliche Gebühren entrichtet wurden. Somit wird der IPER für alle Erfindungen erstellt, für die eine Gebühr für die vorläufige Prüfung gezahlt wurde.
Der Anmelder kann gemäß Regel 68.3 c) PCT alle zusätzlichen Gebühren unter Widerspruch entrichten. Das weitere Verfahren verläuft so wie das Widerspruchsverfahren vor dem EPA als ISA (vgl. 262 ff.).
Das EPA als IPEA führt keine internationale vorläufige Prüfung zu Ansprüchen durch, die sich auf Erfindungen beziehen, für die kein internationaler Recherchenbericht erstellt wurde (vgl. 382).