Die Jahresgebühren für eine anhängige Euro-PCT-Anmeldung sind an das EPA zu entrichten. Sie werden für das dritte und jedes weitere Jahr geschuldet, gerechnet vom Anmeldetag der Euro-PCT-Anmeldung an, den das Anmeldeamt zuerkannt hat. Jahresgebühren können frühestens drei Monate vor ihrer Fälligkeit entrichtet werden.
Die Jahresgebühr für das dritte Jahr kann stets bis zum Fälligkeitstag gemäß Regel 51 (1) EPÜ wirksam entrichtet werden. Wurde jedoch die Jahresgebühr für das dritte Jahr innerhalb der 31-Monatsfrist für den Eintritt in die europäische Phase fällig, verschiebt sich der Fälligkeitstag, und die Gebühr kann bis zum Ablauf dieser Frist ohne Zuschlagsgebühr entrichtet werden. Die sechsmonatige Nachfrist, innerhalb deren die Jahresgebühr mit einer Zuschlagsgebühr von 50 % noch wirksam entrichtet werden kann, wird in diesem Fall von dem Tag an berechnet, an dem die 31-Monatsfrist abläuft.