Unter der Geltung des EPÜ 1973 konnte ein Patent für eine weitere medizinische Anwendung nach der durch die Entscheidung G 1/83 (ABl. 1985, 64) begründeten Rechtsprechung mit Ansprüchen erteilt werden, die unmittelbar auf die Verwendung eines Stoffs oder Stoffgemischs zur Herstellung eines Arzneimittels für eine bestimmte therapeutische Anwendung ("Swiss-type claim") gerichtet waren. Die Neuheit des Gegenstands eines derartigen Anspruchs konnte nicht nur aus der Neuheit des Stoffs oder des Herstellungsverfahrens abgeleitet werden, sondern auch aus seinem neuen therapeutischen Gebrauch (G 1/83). Der "hier festgelegte Grundsatz der Beurteilung der Neuheit", wie er in der Entscheidung G 1/83 genannt wird, ist eine eng begrenzte Ausnahme von dem allgemeinen Erfordernis der Neuheit und kann auf anderen Gebieten der Technik nicht angewandt werden.
Nach Art. 54 (4) EPÜ (früher Art. 54 (5) EPÜ 1973) wird bekannten Stoffen oder Stoffgemischen Neuheit zuerkannt, sofern sie zur erstmaligen Anwendung in einem solchen medizinischen Verfahren bestimmt sind ("erste Anwendung in einem medizinischen Verfahren"). Zu Beginn der 80er-Jahre wurde die Große Beschwerdekammer ersucht zu entscheiden, ob trotz des Wortlauts von Art. 54 (5) EPÜ 1973 (jetzt Art. 54 (4) EPÜ), der die Patentierung auf die erste medizinische Anwendung zu begrenzen schien, ein Patentschutz nach dem EPÜ für jede weitere medizinische Anwendung erteilt werden könne. Die Große Beschwerdekammer erweiterte den Begriff der Neuheit gemäß Art. 54 (5) EPÜ 1973 auf jede weitere medizinische Indikation mit der sogenannten "schweizerischen Anspruchsform", d. h. auf einen Anspruch auf die "Verwendung eines Stoffs oder Stoffgemischs zur Herstellung eines Arzneimittels für eine bestimmte neue und erfinderische therapeutische Anwendung" (G 1/83, ABl. 1985, 60; Rechtsauskunft des schweizerischen Bundesamts für Geistiges Eigentum, ABl. 1984, 581).
Im Zuge der EPÜ 2000 Revision wurde der bisherige Art. 54 (5) EPÜ 1973 ("erste Anwendung in einem medizinischen Verfahren") zu Art. 54 (4) EPÜ, und ein neu eingeführter Art. 54 (5) EPÜ stellt eine zweite medizinische Anwendung unter Schutz. Der neue Art. 54 (5) EPÜ beseitigt jegliche Rechtsunsicherheit betreffend die Patentierbarkeit von weiteren medizinischen Indikationen. Zweckgebundener Erzeugnisschutz wird so unzweifelhaft für jede weitere medizinische Anwendung eines als Arzneimittel schon bekannten Stoffs oder Stoffgemischs gewährt.
Der Schutzumfang der weiteren Anwendung entspricht demjenigen der schweizerischen Anspruchsform. Im Gegensatz zu Art. 54 (5) EPÜ 1973 (jetzt Art. 54 (4) EPÜ), der einen breiten (generellen) Schutz für die erste Anwendung in einem medizinischen Verfahren gewährte, wurde dieser Schutz im neuen Art. 54 (5) EPÜ explizit auf eine bestimmte Anwendung in einem solchen Verfahren beschränkt. Diese Beschränkung soll bewirken, dass der Schutzbereich so weit wie möglich demjenigen entspricht, wie er durch die schweizerische Anspruchsform definiert wird. Ansprüche auf eine zweite medizinische Anwendung können als Stoffansprüche abgefasst werden, die sich auf eine bestimmte zweite oder weitere medizinische Anwendung beziehen (s. T 1599/06).
Inzwischen hat die Große Beschwerdekammer in G 2/08 (ABl. 2010, ***) entschieden, dass ein Anspruch, dessen Gegenstand nur durch eine neue therapeutische Verwendung eines Arzneimittels Neuheit verliehen wird, jetzt nicht mehr in der sogenannten schweizerischen Anspruchsform abgefasst werden darf, wie sie mit G 5/83 geschaffen wurde (ABl. 1985, 64). Nach Art. 54 (5) EPÜ kann nun zweckgebundener Stoffschutz für jede weitere spezifische Anwendung eines bekannten Arzneimittels in einem Verfahren zur therapeutischen Behandlung gewährt werden, sodass mit dieser neuen Bestimmung die Lücke im EPÜ 1973 geschlossen wurde - fällt der Sinn eines Gesetzes weg, so fällt das Gesetz selbst weg. Die Entscheidung G 2/08 wird unten in Punkt 5.2.4 b) näher erläutert.
Laut Art. 1 Nr. 3 des Beschlusses des Verwaltungsrats vom 28. Juni 2001 ist Art. 54 (5) EPÜ nach Art. 7 der Akte zur Revision des EPÜ vom 29. November 2000 auf die bei Inkrafttreten des EPÜ 2000 anhängigen Anmeldungen anzuwenden, soweit eine Entscheidung über die Erteilung des Patents noch nicht ergangen ist (s. Entscheidung T 1127/05 vom 15. Januar 2008; T 406/06 vom 16. Januar 2008) (s. auch ABl. SA 4/2007).