Im Zuge der EPÜ-Revision 2000 wurde das Verhältnis von Weiterbehandlung und Wiedereinsetzung neu bestimmt. Weiterbehandlung ist nun der Regelrechtsbehelf bei Fristversäumnissen im europäischen Patenterteilungsverfahren (s. auch Kapitel VI.D.2, Weiterbehandlung) und verdrängt damit in einigen Fällen die Wiedereinsetzung. Gemäß Art. 122 (4) EPÜ i. V. m. R. 136 (3) EPÜ ist die Wiedereinsetzung in Fristen, für die Weiterbehandlung nach Art. 121 EPÜ beantragt werden kann, ausgeschlossen. Damit ist die Wiedereinsetzung insbesondere für die Gebührenzahlungsfristen in R. 38, 39 (1), 45 (2), 70 (1) und (3) und 159 (1) c) - f) EPÜ ausgeschlossen (s. ABl. SA 4/2007). Ebenfalls ausgeschlossen ist weiterhin die Wiedereinsetzung in die Frist für den Antrag auf Wiedereinsetzung (Art. 122 (4), R. 136 (3) EPÜ). Wiedereinsetzung in die Frist für den Antrag auf Weiterbehandlung ist hingegen weiterhin möglich (ABl. SA 4/2007).
In einem Fall wurde der Anwendungsbereich der Wiedereinsetzung allerdings auch erweitert. Nach dem neuen Recht kommt eine Wiedereinsetzung in die Prioritätsfrist des Art. 87 (1) EPÜ in Betracht. Da aber wegen der zentralen Bedeutung des Anmelde- bzw. Prioritätstags über die Wirksamkeit der Inanspruchnahme einer Priorität rasch Klarheit bestehen muss, sieht R. 136 (1) Satz 2 EPÜ für diese Fälle eine besondere Antragsfrist vor. Danach kann der Antrag auf Wiedereinsetzung in die Prioritätsfrist nur innerhalb von zwei Monaten nach Ablauf dieser Frist beantragt werden (ABl. SA 5/2007). Die gleiche Zweimonatsfrist gilt auch für die Stellung des Antrags auf Wiedereinsetzung in die Fristen des Art. 112a (4) EPÜ.
Die Voraussetzungen der Wiedereinsetzung in den vorigen Stand (Art. 122 (1) EPÜ), das Verfahren (R. 136 EPÜ) und die Bestimmung zum Weiterbenutzungsrecht (Art. 122 (5) EPÜ) sind unverändert geblieben (ABl. SA 4/2007). Einzelheiten - wie Fristen, Anforderungen an den Antrag, zuständiges Organ - wurden aber in die Ausführungsordnung verschoben (R. 136 EPÜ). Die Rechtsfolge der Wiedereinsetzung ist nun ausdrücklich in Art. 122 (3) EPÜ geregelt. Danach gelten die Rechtsfolgen der Fristversäumung als nicht eingetreten.