Die Zurückverweisung an die erste Instanz wird in der Regel auch angeordnet, wenn im erstinstanzlichen Verfahren ein wesentlicher Verfahrensfehler begangen worden ist (T 125/91, T 135/96 und T 1065/99); dies gilt auch dann, wenn der Fehler nur einen der beiden Einsprechenden berührt (T 125/91). Nach Art. 10 VOBK 1980 hat die Kammer die Angelegenheit an die erste Instanz zurückzuverweisen, wenn das Verfahren vor der ersten Instanz wesentliche Mängel aufweist, es sei denn, dass besondere Gründe gegen die Zurückverweisung sprechen (s. z.B. T 135/96). In T 838/02 befand die Kammer, dass im Falle einer Zusammensetzung der Einspruchsabteilung, die gegen Art. 19 (2) EPÜ 1973 verstößt, den Verfahrensbeteiligten Gelegenheit gegeben werden soll, sich zu äußern, bevor die Kammer über die Zurückverweisung entscheidet. Enthält die Entscheidung der Einspruchsabteilung offensichtliche Fehler, sodass die angefochtene Entscheidung widersprüchlich und rechtlich so verworren erscheint, dass unklar ist, ob der Beschwerdeführer beschwert ist, so stellt dies einen wesentlichen Verfahrensmangel dar; die Kammer verwies die Sache zur weiteren Entscheidung an die erste Instanz zurück (T 616/08). In T 1077/06 konnte die Kammer keine Rechtsgrundlage im EPÜ erkennen, die den Schluss zulassen würde, dass ein Beteiligter, der Beschwerde gegen eine erstinstanzliche Entscheidung eingelegt hat, die unter Verletzung seines rechtlichen Gehörs ergangen war, durch sein Fernbleiben von der mündlichen Verhandlung vor der zweiten Instanz rückwirkend auf seinen Anspruch auf rechtliches Gehör vor der ersten Instanz verzichtet hätte.
Eine Zurückverweisung ist jedoch nicht in allen Fällen angezeigt:
In Fällen, in denen die Kammer im Ex-parte Verfahren für den Beschwerdeführer entscheiden konnte, wurde eine Zurückverweisung nicht für notwendig erachtet (T 749/02). Die durch eine Zurückverweisung verursachte Verzögerung der endgültigen Entscheidung wurde in T 48/00 nicht als besonderer Grund angesehen. Ein Verletzungsverfahren vor einem deutschen Gericht ist der Entscheidung T 914/98 zufolge kein besonderer Grund; die Kammer urteilte, dass das grundlegende Recht der Beschwerdeführer auf rechtliches Gehör vor der Einspruchsabteilung mehr wiege als jeglicher Vorteil, der sich für die Beschwerdegegner daraus ergeben könnte, dass die Kammer die Sache abschließend behandelte, anstatt sie zurückzuverweisen.
Trotz eines wesentlichen Verfahrensfehlers seitens der Einspruchsabteilung entschied die Kammer in T 679/97, die Angelegenheit in Anbetracht des Interesses der Beteiligten an einer abschließenden Entscheidung nicht zurückzuverweisen.
In T 274/88 wurde die Auffassung vertreten, dass eine Sache normalerweise an die erste Instanz zurückzuverweisen ist, auch wenn ein in der ersten Instanz gerügter Mangel während des Beschwerdeverfahrens beseitigt wird. Die Kammer hat jedoch im vorliegenden Ex-parte-Verfahren von einer Rückverweisung abgesehen, da der Gegenstand der Anmeldung nach Beseitigung des Mangels patentfähig war, der Beschwerdeführer auf sein Recht auf zwei Instanzen ausdrücklich verzichtet hatte und die Prüfungsabteilung zu erkennen gegeben hatte, dass sie der Frage der Patentfähigkeit positiv gegenüberstand.