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Les effets d'un tel retrait varient selon que l'opposant est le requérant ou l'intimé dans la procédure de recours.
Dans la décision G 8/93 (JO 1994, 887), la Grande Chambre de recours a énoncé que si l'opposant est le seul requérant et déclare qu'il retire son opposition, cela a pour effet de mettre fin immédiatement et automatiquement à la procédure de recours, sans que l'accord du titulaire du brevet ne soit nécessaire. Il est également mis fin à la procédure si la chambre estime que les conditions fixées par la Convention pour le maintien du brevet ne sont pas remplies. Par cette décision, la Grande Chambre a souligné une fois de plus la distinction entre le pouvoir d'entamer et de poursuivre une procédure, et celui de clarifier les faits afférents à une procédure en cours. Selon cette jurisprudence, ce premier pouvoir, s'agissant d'une procédure de recours, appartient exclusivement au requérant, tandis que le second peut être exercé par la chambre en application de l'art. 114 CBE 1973, pour autant que la procédure soit en instance.
Toutefois, si l'opposant est l'intimé, le retrait de l'opposition n'influe pas sur la procédure de recours (cf. par ex. T 135/86, T 362/86, T 373/87, T 194/90, T 629/90, JO 1992, 654; T 138/91, T 329/92, T 627/92, T 463/93, T 798/93, JO 1997, 363, T 78/95, T 4/04 et T 340/05). La chambre doit par conséquent réexaminer le fond de la décision rendue par la division d'opposition. Elle ne pourrait cependant l'annuler et maintenir le brevet conformément à la requête du requérant que si le fascicule satisfait aux exigences de la CBE. Lorsque la chambre examine la décision, il est possible de citer des preuves qui ont été présentées par un opposant avant le retrait de l'opposition (T 340/05, cf. également T 900/03). Néanmoins, d'après la décision T 789/89 (JO 1994, 482), le retrait d'une opposition par l'intimé signifie que ce dernier cesse d'être partie à la procédure de recours en ce qui concerne les questions de fond ; il reste partie à la procédure uniquement pour ce qui a trait à la répartition des frais (jurisprudence confirmée par T 82/92, T 884/91, T 329/92 et T 340/05). En revanche, il a été jugé dans la décision T 484/89 que l'intimé reste partie à la procédure bien qu'il ne soit pas tenu d'y participer activement. La décision de la division d'opposition n'est pas examinée par l'OEB de sa propre initiative, mais en vertu du recours, c'est-à-dire sur la base de la "requête" formulée par le requérant en vue de l'annulation de la décision attaquée (T 958/92).
En ce qui concerne les conséquences du retrait de l'opposition sur le pouvoir conféré à la chambre pour examiner les faits d'office, voir ci-dessous, chapitre VII.E.6.4, examen des faits.