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La procédure d'opposition, qui fait suite à la procédure de délivrance des brevets, se déroule devant la division d'opposition en tant que procédure contentieuse mettant en présence des parties qui défendent généralement des intérêts opposés et qui ont droit à cet égard à une égalité de traitement.
La Grande Chambre de recours est parvenue à cette conclusion dans les décisions G 9/91 et G 10/91 (JO 1993, 408 et 420), où elle s'est penchée sur certains aspects fondamentaux de la procédure d'opposition. La Grande Chambre a fait observer que la procédure n'a lieu qu'après la délivrance du brevet européen, c.-à-d. à un moment où son titulaire jouit, dans chaque Etat contractant désigné, des mêmes droits que lui conférerait un brevet national délivré dans cet Etat (art. 64 et 99 CBE, inchangés sur le fond). Ainsi, l'opposant ne cherche pas, comme dans une opposition classique précédant la délivrance du brevet, à obtenir le rejet de la demande de brevet, mais la révocation du brevet délivré (en tout ou en partie) et l'annulation, dès l'origine, des effets prévus dans tous les Etats contractants désignés (voir art. 68 CBE 1973, changé). De plus, étant donné que les motifs d'opposition (art. 100 CBE 1973, inchangé sur le fond) sont limités aux motifs de nullité prévus par la législation nationale (art. 138 CBE 1973, changé) et qu'ils sont essentiellement les mêmes que ces derniers, il apparaît que le concept d'opposition après délivrance, prévu par la CBE, diffère considérablement de la notion classique d'opposition précédant la délivrance. Ainsi, la procédure d'opposition devant l'OEB présente de fait plusieurs caractéristiques importantes qui s'apparentent davantage au concept de la procédure de révocation traditionnelle, et elle entraîne des effets comparables à ceux découlant de cette procédure.
Dès la formation de l'opposition, la procédure devient automatiquement bilatérale. Peu importe de savoir si l'opposition est valable, recevable ou fondée. La règle 79(1) CBE (règle 57(1) CBE 1973) dispose expressément que la division d'opposition notifie au titulaire du brevet l'opposition formée, et les Directives (D-IV, 1.5, ancienne version) prévoient que le titulaire du brevet reçoit également les notifications et les décisions portant sur la question de savoir si l'opposition est réputée formée et si elle est recevable. Ainsi, il n'est pas prévu dans la Convention que la division d'opposition décide "de mettre fin à la procédure ex parte" (T 263/00).