Das EPA kann für eine internationale Anmeldung, die im Rahmen des Vertrags über die internationale Zusammenarbeit auf dem Gebiet des Patentwesens (PCT) erfolgt ist und in der "EP" benannt ist (Euro-PCT-Anmeldung), "Bestimmungsamt" oder "ausgewähltes Amt" sein. Eine solche Anmeldung gilt als eine europäische Anmeldung. Für Euro-PCT-Anmeldungen gelten jedoch neben den Vorschriften des EPÜ auch die des PCT; stehen diese Vorschriften einander entgegen, z. B. im Falle bestimmter Fristen, so sind die PCT-Vorschriften maßgebend. Gemäß Art. 153 (1) a) ist das EPA Bestimmungsamt für die in der internationalen Anmeldung benannten Vertragsstaaten des EPÜ, für die der PCT in Kraft getreten ist und für die der Anmelder ein europäisches Patent begehrt. Hat der Anmelder einen benannten Staat ausgewählt, so wird das EPA als ausgewähltes Amt tätig (Art. 153 (1) b), Näheres siehe E-VIII, 2.1.1).
Das EPA kann neben der Tätigkeit eines Bestimmungsamts auch die Tätigkeit eines Anmeldeamts im Sinne des PCT wahrnehmen, und zwar nach Maßgabe des Art. 151. Darüber hinaus kann das EPA auch als Internationale Recherchenbehörde (ISA), als mit der internationalen vorläufigen Prüfung beauftragte Behörde (IPEA) nach Maßgabe des Art. 152 und/oder als für die ergänzende internationale Recherche bestimmte Behörde (SISA) nach dem PCT tätig werden. Für eine im Rahmen des PCT eingereichte europäische Anmeldung sind somit folgende Möglichkeiten gegeben:
In Fall i) wird die europäische Anmeldung von einem internationalen Recherchenbericht begleitet, der von einem anderen Patentamt erstellt wurde. In Fall ii) und iii) werden der internationale Recherchenbericht und der "schriftliche Bescheid der Internationalen Recherchenbehörde" (WO-ISA) (Regel 43bis PCT) von der Recherchenabteilung des EPA erstellt. In Fall iv) können der internationale Recherchenbericht und der internationale vorläufige Prüfungsbericht vom EPA oder von einer anderen Internationalen Recherchenbehörde bzw. mit der internationalen vorläufigen Prüfung beauftragten Behörde erstellt worden sein.
Weitere Einzelheiten, insbesondere hinsichtlich der Fristen und Verfahrenshandlungen vor dem EPA als Anmeldeamt, ISA, IPEA oder SISA, enthält die neueste Auflage des Leitfadens für Anmelder "Der Weg zum europäischen Patent, 2. Teil: PCT-Verfahren vor dem EPA - Euro-PCT".