Mit Beschluss des Präsidenten des EPA vom 3. April 2007 sind die Richtlinien für die Prüfung geändert worden. Diese Änderungen sind hauptsächlich durch die auf der Diplomatischen Konferenz im November 2000 ("EPÜ 2000") vereinbarten Änderungen der EPÜ-Artikel und die sich daraus ergebenden Änderungen in der Ausführungsordnung bedingt, sodass die überarbeitete Fassung der Richtlinien am 13. Dezember 2007 Gültigkeit erlangt.
Die bei dieser Überarbeitung der Richtlinien vorgenommenen Änderungen gehen im Wesentlichen auf das EPÜ 2000 zurück. Da das Übereinkommen umfassend überarbeitet wurde, war auch eine Anpassung der gesamten Richtlinien notwendig. Am umfassendsten wurden die Erfordernisse für die Zuerkennung eines Anmeldetags und die anschließende Formalprüfung geändert. Weitere signifikante Änderungen betreffen die Erfordernisse für die Inanspruchnahme der Priorität, die sprachlichen Erfordernisse, die Rechtsbehelfe (Weiterbehandlung and Wiedereinsetzung in den vorigen Stand) sowie Verfahrensänderungen für PCT- und Euro-PCT-Anmeldungen. Es wurde auch ein neues Kapitel (D-X) aufgenommen, in dem das neue Beschränkungs- und Widerrufsverfahren erläutert wird. Außerdem haben sich aufgrund der Neunummerierung der Regeln in nahezu jedem Abschnitt die Verweisungen geändert. Ähnlich wie bei der Ausführungsordnung wurde die Gelegenheit dazu genutzt, die Nummerierung der Richtlinien sinnvoller zu gestalten. Darüber hinaus wurden diverse Änderungen vorgenommen, um die Richtlinien in wichtigen Fragen des Recherchen-, Prüfungs- und Einspruchsverfahrens in Einklang mit den Entscheidungen der Beschwerdekammern und der vorherrschenden Praxis zu bringen und eine Reihe von Fehlern zu korrigieren.
In diesem Zusammenhang ist auch anzumerken, dass die vorliegende Fassung der Richtlinien in einigen Punkten von dem Entwurf abweicht, der im April 2007 in englischer Sprache auf der Website des EPA veröffentlicht worden ist. Bei den meisten dieser Abweichungen handelt es sich nur um kleinere Korrekturen bzw. aktualisierte Verweisungen. Daneben wurden aber auch einige (ebenfalls relativ geringfügige) inhaltliche Änderungen vorgenommen. Diese betreffen die kürzlich abgeschlossene Vereinbarung mit dem Koreanischen Amt für geistiges Eigentum (KIPO) über den Austausch von Prioritätsunterlagen, die Prioritätserklärung (A-III, 6.5), Übersetzungen von Prioritätsunterlagen (A-III, 6.8, C-V, 3.4 und D-VII, 2), die Veröffentlichung von Sequenzprotokollen (A-VI, 1.3), die Vorschriften über das laufende Konto (A-XI), den Vorbehalt Spaniens (C-III, 8.3) und die Behandlung von gemäß Regel 56 nachgereichten fehlenden Teilen im Einspruchsverfahren (D-V, 2.2).
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