Lorsqu'il s'agit d'une méthode de traitement chirurgical ou thérapeutique du corps humain ou animal ou d'une méthode de diagnostic appliquée au corps humain ou animal (exceptions à la brevetabilité conformément à l'art. 53c)), on notera que selon l'art. 54(4), les produits, notamment les substances ou compositions, utilisés pour la mise en oeuvre d'une de ces méthodes ne sont pas exclus de la brevetabilité, à condition que l'utilisation du produit dans toute méthode de ce type ne soit pas comprise dans l'état de la technique (cf. également C-IV, 4.8). L'art. 54(5) prévoit la possibilité d'obtenir une autre protection du produit limitée à son usage pour toute autre utilisation plus spécifique, à la fois nouvelle et inventive, dans une méthode selon l'art. 53c). Il convient de noter qu'une revendication de la forme "Utilisation d'une substance ou composition X pour l'obtention d'un médicament destiné à une utilisation thérapeutique Z spécifique" (revendication de "type suisse") peut être admise, qu'il s'agisse d'une première utilisation thérapeutique ou de toute autre utilisation thérapeutique "ultérieure" (cf. C-IV, 4.8).

Même si, par sa rédaction, une revendication couvre une méthode de traitement médical et, de ce fait, n'a pas un objet brevetable, une recherche significative peut être possible lorsque la caractéristique technique déterminante réside dans l'effet de la substance, lequel peut faire l'objet d'une recherche. Toutefois, en présence de caractéristiques spécifiques de la méthode (par exemple des instructions d'administration destinées à l'utilisateur ou la combinaison d'un traitement pharmaceutique et d'un traitement physique), une recherche significative peut ne pas être possible. En cas de doute, la division de la recherche procède à la recherche dans la mesure où la documentation disponible le lui permet. En tout état de cause, que ces revendications fassent ou non l'objet d'une recherche, il convient de signaler au demandeur dans l'avis au stade de la recherche (si ce dernier est établi, cf. XII, 8) qu'un tel objet est exclu de la brevetabilité (cf XII, 3).