En novembre 2003, le groupe de travail "Contentieux" a approuvé les instruments juridiques fondamentaux nécessaires à la création d'une Cour européenne des brevets qui statuerait sur les actions en contrefaçon et en nullité concernant les brevets européens. Il s'agit des instruments suivants :
En septembre 2005, le sous-groupe du groupe de travail "Contentieux" s'est réuni afin de transposer les dispositions pertinentes de la Directive 2004/48/CE relative au respect des droits de propriété intellectuelle dans le Projet d'accord.