Der Aufsichtsrat ist ein nachgeordnetes Organ des Verwaltungsrats der Europäischen Patentorganisation und besteht aus sieben Mitgliedern, die je einen Vertragsstaat des Europäischen Patentübereinkommens repräsentieren. Das epi, die Europäische Kommission, BUSINESSEUROPE (ehem. UNICE) und die WIPO bestimmen ebenfalls Vertreter als ständige Beobachter. Die Mitglieder des Aufsichtsrats werden für eine (nicht verlängerbare) Amtszeit von drei Jahren ernannt.
Der Leitende Direktor der Akademie wird vom Präsidenten des EPA ernannt.
Der Akademische Beirat besteht aus dem Leitenden Direktor der Akademie, den Direktoren der Akademie, dem Präsidenten der Prüfungskommission für die europäische Eignungsprüfung, dem Präsidenten des epi, zwei Bediensteten des Amts, bis zu vier (vom Aufsichtsrat ernannten) Fachleuten der Aus- und Fortbildung im Bereich des geistigen Eigentums aus den Mitgliedstaaten der Europäischen Patentorganisation, bis zu sechs (vom Präsidenten des EPA ernannten) fachkundigen Vertretern europäischer und internationaler Organisationen und anerkannter Bildungseinrichtungen im Bereich des geistigen Eigentums auf europäischer Ebene und zwei vom Zentralen Personalausschuss ernannten Bediensteten des EPA. Der Akademische Beirat, dessen Vorsitz der Leitende Direktor der Akademie führt, hat die Aufgabe, Stellungnahmen zum jährlichen Arbeitsprogramm und zur Aus- und Fortbildungspolitik samt den entsprechenden Leitlinien abzugeben sowie einschlägige Empfehlungen und Vorschläge zu formulieren.
