Anmelder, die über ein laufendes Konto verfügen, können das automatische Abbuchungsverfahren für alle innerhalb der 31-Monatsfrist und danach anfallenden Gebühren nutzen. Wird rechtzeitig ein automatischer Abbuchungsauftrag erteilt, so wird jede innerhalb der 31-Monatsfrist zu entrichtende Gebühr am letzten Tag dieser Frist abgebucht. Zum 1. Dezember 2017 hat das EPA auf eine reine Online-Verwaltung der laufenden Konten seiner Nutzer umgestellt. Das heißt, dass automatische Abbuchungsaufträge in einem elektronisch verarbeitbaren Format (XML) auf einem der zulässigen elektronischen Wege (z. B. mit dem EPA-Formblatt 1200E) oder über die Online-Gebührenzahlung im Rahmen der Online-Dienste eingereicht werden müssen. Dies gilt auch für die Einreichung bzw. den Widerruf eines automatischen Abbuchungsauftrags. Nähere Informationen zu laufenden Konten und zum automatischen Abbuchungsverfahren enthalten die "Vorschriften über das laufende Konto (VLK) und ihre Anhänge", die regelmäßig in einer Zusatzpublikation des Amtsblatts veröffentlicht werden.