https://www.epo.org/de/node/ist

Ist es möglich, nur die Jahresgebühren automatisch abbuchen zu lassen?

Nein. In der Zentralen Gebührenzahlung kann das automatische Abbuchungsverfahren nur für einzelne Patentanmeldungen eingerichtet werden; es kann nicht auf bestimmte Gebührenarten oder Zeiträume beschränkt werden.