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Interprétation de termes tels qu'"identité" et "similarité" en lien avec des séquences d'acides aminés ou d'acides nucléiques

Les séquences d'acides aminés ou d'acides nucléiques peuvent être définies par un pourcentage d'identité. Ce pourcentage d'identité détermine le nombre de résidus identiques sur une longueur définie dans un alignement donné. S'il n'est défini aucun algorithme ni aucune méthode de calcul pour déterminer le pourcentage d'identité, l'interprétation la plus large sera appliquée en faisant appel à tout algorithme ou toute méthode de calcul acceptable connu(e) à la date de dépôt pertinente.

Les séquences d'acides aminés peuvent être définies par un degré de similarité (exprimé sous forme d'un pourcentage de similarité). Le terme "similarité" est plus large que le terme "identité", car il autorise les substitutions conservatrices de résidus d'acides aminés ayant des propriétés physicochimiques similaires sur une longueur définie dans un alignement donné. Le pourcentage de similarité ne peut être déterminé que si une matrice de scores de similarité est définie. Si aucune matrice de scores de similarité n'est définie, une revendication portant sur une séquence qui affiche un certain pourcentage de similarité par rapport à une séquence énoncée est considérée comme couvrant toute séquence qui répond au critère de similarité tel que déterminé par toute matrice de scores de similarité acceptable connue à la date de dépôt pertinente.

Pour les séquences d'acides aminés, si un pourcentage d'homologie indiqué par le demandeur constitue l'unique caractéristique qui distingue l'objet d'une revendication vis-à-vis de l'état de la technique, une objection est émise au titre de l'article 84 (cf. F-IV, 4.6.1), sauf si la manière dont le pourcentage d'homologie est déterminé ou calculé est clairement définie dans la demande telle que déposée. Pour les séquences d'acides nucléiques, le pourcentage d'homologie et le pourcentage d'identité sont généralement considérés comme synonymes.

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