La plupart des dispositions de la CBE qui régissent le calcul des délais, comme l'art. 120 CBE, ainsi que les règles 131, 133(1) (à condition que la pièce mentionnée dans cette disposition ait été reçue au plus tard un mois après l'expiration du délai) et 134 CBE sont applicables aux procédures relatives au brevet unitaire (règle 20(2)g) RPU).
Cependant, certains délais diffèrent de ceux prévus dans la CBE. Ils ont été modifiés afin que globalement, la procédure régissant la demande d'effet unitaire soit raisonnablement brève, conformément au règlement (UE) n° 1257/2012. La règle 20(4) RPU fournit une base juridique qui permet à la division de la protection unitaire conférée par un brevet de fixer des délais compris dans un intervalle d'un à quatre mois. En soi, un délai imparti ne peut ni être inférieur à un mois ni supérieur à quatre mois. En règle générale, le délai fixé est d'un mois lorsqu'il concerne la demande d'effet unitaire , pour les autres notifications, le délai fixé est de deux mois. La poursuite de la procédure (c'est-à-dire conformément à la règle 135 CBE) ne s'applique pas aux délais impartis par la division de la protection unitaire conférée par un brevet.
Une fois qu'il a été fixé, un délai imparti par la division de la protection unitaire conférée par un brevet en vertu de la règle 20(4) RPU ne peut être prorogé, cette règle ne prévoyant pas de disposition équivalant à la règle 132(2), dernière phrase CBE.