Die teilnehmenden Mitgliedstaaten haben dem EPA Verwaltungsaufgaben übertragen, die insbesondere die Bearbeitung von Anträgen auf einheitliche Wirkung, die Führung des Registers für den einheitlichen PatentschutzEinheitspatentregisters und die Erhebung von Jahresgebühren betreffen (Art. 9 Verordnung (EU) Nr. 1257/2012 und Regel 4 (2) DOEPS). Die Abteilung für den einheitlichen Patentschutz wurde als eigene EPA-Abteilung eingerichtet, die sich mit diesen Aufgaben befasst (Regel 4 (1) DOEPS).
Jede Entscheidung der Abteilung für den einheitlichen Patentschutz wird von einem rechtskundigen Mitglied getroffen (Regel 4 (3) DOEPS). Bestimmte Aufgaben wurden auch anderen Bediensteten übertragen (s. Beschluss des Präsidenten des EPA vom 30. Mai 2022, (ABl. EPA 2022, A69)).