Die meisten Vorschriften des EPÜ zur Fristenberechnung wie etwa Art. 120 EPÜ oder Regeln 131, 133 (1) (mit der Maßgabe, dass das in der Vorschrift genannte Schriftstück nicht später als einen Monat nach Ablauf der Frist eingegangen ist) und 134 EPÜ sind für das Einheitspatentverfahren entsprechend anzuwenden (Regel 20 (2) g) DOEPS).
Einige Fristen unterscheiden sich allerdings von den Fristen nach dem EPÜ. Diese wurden im Einklang mit der Verordnung (EU) Nr. 1257/2012 geändert, um die Gesamtdauer des Verfahrens für die Beantragung der einheitlichen Wirkung innerhalb eines vertretbaren Zeitrahmens zu halten. Regel 20 (4) DOEPS bietet eine Rechtsgrundlage, die es der Abteilung für den einheitlichen Patentschutz erlaubt, Fristen zwischen einem und vier Monaten festzulegen. So darf eine bestimmte Frist weder weniger als einen Monat noch mehr als vier Monate betragen. In Bezug auf den Antrag auf einheitliche Wirkung wird in der Regel eine Frist von einem Monat, für andere Mitteilungen eine Frist von zwei Monaten gesetzt. Die Weiterbehandlung (nach Regel 135 EPÜ) ist nicht auf von der Abteilung für den einheitlichen Patentschutz festgesetzte Fristen anwendbar.
Eine einmal von der Abteilung für den einheitlichen Patentschutz gemäß Regel 20 (4) DOEPS festgesetzte Frist kann nicht verlängert werden, d. h. die Regel enthält keine der Regel 132 (2) letzter Satz EPÜ entsprechende Bestimmung.So wird insbesondere in Regel 20 (4) DOEPS eine Mindestfrist von einem Monat anstelle von zwei festgelegt. Die DOEPS enthält auch keine der Regel 132 (2) letzter Satz EPÜ entsprechende Bestimmung.