En 2013, 25 États membres de l'Union européenne ont signé l'AJUB, ouvrant ainsi la voie à l'institution de la JUB comme juridiction commune ayant une compétence exclusive pour les litiges en matière de contrefaçon et de nullité des brevets européens et des brevets unitaires. L'art. 83 AJUB prévoit que pendant une période transitoire allant jusqu'au 31 mai 2030, la compétence pour les brevets européens (classiques) incombe tant à la JUB qu'aux juridictions nationales ou aux autres autorités nationales compétentes, à moins qu'il n'ait été dérogé à la compétence de la JUB pour le brevet en question. L'AJUB est entré en vigueur le 1er juin 2023.
Des actions contre des décisions prises par la division de la protection unitaire par brevet dans l'exercice des tâches visées à l'art. 9 du règlement (UE) n° 1257/2012 peuvent être portées devant la JUB. La JUB peut inviter l'OEB à prendre position. L'OEB est lié par les décisions de la JUB concernant les actions précitées (règle 1(1) RPU).