Die fälligen Gebühren sind in Euro an das EPA zu entrichten, und zwar über eine der zulässigen Zahlungsarten, d. h. per Abbuchung von einem laufenden Konto beim EPA, Kreditkarte oder Banküberweisung.
Alle diese Zahlungsarten stehen in der Zentralen Gebührenzahlung, auf der EPA-Website (epo.org) oder in MyEPO Portfolio zur Verfügung. Gebühren können von jedermann wirksam entrichtet werden, d. h. hierfür muss kein Vertreter bestellt werden. Informationen über Gebühren und Zahlungsarten, einschließlich des Bankkontos der EPO für Zahlungen in Euro, sind auch auf der Website des EPA (epo.org) zu finden.
Für das Einheitspatentverfahren müssen neue automatische Abbuchungsaufträge und Rückerstattungsanweisungen eingereicht werden, weil bestehende Anweisungen für europäische Patentanmeldungen oder Patente nicht automatisch für das Einheitspatentverfahren gelten.