À l'exception des taxes annuelles (cf. 3.73.1.7), le même principe que celui appliqué aux demandes de brevet européen régit l'exigibilité pour le paiement des taxes afférentes aux brevets unitaires, à savoir non pas le dernier jour du délai fixé pour ce paiement, mais le premier jour à compter duquel un paiement peut être valablement effectué. En l'absence d'indication concernant la date d'exigibilité, les taxes sont exigibles à compter du dépôt de la demande d'exécution de la prestation de service assujettie à une taxe (art. 4 RRT ; cf. Directives CBE, A-X, 5.1.1).
Le montant de la taxe annuelle à acquitter est déterminé par le RRT-PBU. Le montant applicable est celui qui est en vigueur à la date à laquelle le paiement est effectué (art. 2 RRT-PBU).