In der GebOEPS ist die Höhe der Gebühren und Auslagen festgesetzt, die laut DOEPS und den vom Präsidenten des Amts festgelegten Gebühren und Auslagen (Zusatzpublikation 4, ABl. EPA 2024, 23ABl. EPA 2022, A42) an das EPA zu entrichten sind.
Der Großteil der wichtigen Bestimmungen der GebO nach dem EPÜ gilt auch für das Einheitspatent, insbesondere die Bestimmungen zur Zahlung von Gebühren beim EPA (Art. 6 GebOEPS).
Gebühren für Einheitspatente können über dieselben Zahlungswege entrichtet werden, die im Rahmen des europäischen Patenterteilungsverfahrens zur Verfügung stehen, und damit auch über beim EPA geführte laufende Konten. Die VLK und ihre Anhänge finden Anwendung (s. Zusatzpublikation 2, ABl. EPA 2024, 2, geändert durch den Beschluss des Präsidenten des EPA vom 12. Februar 2025 über die Änderung der Vorschriften über das laufende Konto und ihrer Anhänge (ABl. EPA 2025, A17)Zusatzpublikation 3, ABl. EPA 2023 und ABl. EPA 2024, A81).
Während der Antrag auf einheitliche Wirkung kostenlos ist, d. h. dafür keine Anmelde-, Prüfungs- oder Eintragungsgebühren zu entrichten sind, müssen andere Gebühren wie Jahresgebühren beim EPA entrichtet werden (s. 3.1.73.2).