Die Jahresgebühren für Einheitspatente und die Zuschlagsgebühren für deren verspätete Zahlung sind an das EPA zu entrichten. Sie sind in den Folgejahren des Jahres fällig, in dem der Hinweis auf die Erteilung des europäischen Patents im Europäischen Patentblatt bekannt gemacht wird (Regel 13 (1) DOEPS). Jedes Patentjahr endet am Jahrestag des Anmeldetags der europäischen Patentanmeldung, die zu dem Einheitspatent geführt hat (EPÜ-Richtlinien, A‑X, 5.2.4). Der Inhaber eines Einheitspatents zahlt eine einzige Jahresgebühr direkt an das EPA, und zwar in einer einzigen Währung und unter einem einzigen Rechtssystem, was Fristen und zulässige Zahlungsarten betrifft.