Einige verfahrensrechtliche Bestimmungen des EPÜ, aus dem Übereinkommen selbst wie aus der Ausführungsordnung, gelten entsprechend für Verfahren nach der DOEPS und der GebOEPS (Regel 20 DOEPS, Art. 6 GebOEPS). Dies ermöglicht die Anpassung an die bestehenden Verfahren und die einschlägige Praxis des EPA. Entsprechend gelten Beschlüsse des Präsidenten des EPA und Mitteilungen des EPA über die Umsetzung der in der DOEPS und der GebOEPS genannten Bestimmungen des EPÜ auch für Einheitspatentverfahren, weil sie gemäß den einschlägigen EPÜ-Bestimmungen ergangen sind, die entsprechend anzuwenden sind. Zu berücksichtigen ist auch die Rechtsprechung der Beschwerdekammern des EPA in Bezug auf die jeweiligen EPÜ-Bestimmungen.
Der Präsident des EPA hat gemäß Regel 3 DOEPS und Art. 10 (2) a) EPÜ die Befugnis zum Erlass interner Verwaltungsvorschriften hinsichtlich der Leitung der Abteilung für den einheitlichen Patentschutz und zur Unterrichtung der Öffentlichkeit zur Gewährleistung der Umsetzung des einheitlichen Patentschutzes. Die Beschlüsse des Präsidenten des EPA und des Vorsitzenden des Engeren Ausschusses sowie Mitteilungen und Informationen des EPA werden im Amtsblatt veröffentlicht. Allgemeine Mitteilungen und Informationen des Engeren Ausschusses oder des Präsidenten des EPA werden ebenfalls im Amtsblatt veröffentlicht (Regel 17 (2) DOEPS).