Ablauf des Verfahrens 
5.4.006
Nach Stellung des Prüfungsantrags prüft das EPA anhand des Recherchenberichts, der vorläufigen Stellungnahme zur Patentierbarkeit (Stellungnahme zur Recherche) und der Erwiderung des Anmelders, ob die Anmeldung und die Erfindung, die sie zum Gegenstand hat, den Erfordernissen des Übereinkommens genügen, insbesondere also, ob die Erfindung patentierbar ist (vgl. 3.1.001 - 3.4.002).
Nach Erhalt des Recherchenberichts und vor Erhalt des ersten Bescheids des Prüfers muss der Anmelder zu etwaigen in der Stellungnahme zur Recherche erhobenen Einwänden in der Sache Stellung nehmen; er kann auch die Beschreibung, die Patentansprüche und die Zeichnungen ändern (vgl. 5.4.005 und 5.4.018).
In Ausnahmefällen – nämlich wenn eine Erteilung trotz der Erwiderung des Anmelders auf die Stellungnahme zur Recherche nicht in Betracht gezogen werden kann – kann die Prüfungsabteilung als ersten Bescheid im Prüfungsverfahren eine Ladung zur mündlichen Verhandlung mit einer Ladefrist von mindestens sechs Monaten erlassen. Der Anmelder kann von der Möglichkeit Gebrauch machen, bis zum Ablauf der Ladefrist Argumente und Änderungen einzureichen. Wenn sich der Anmelder in seinen Schriftsätzen ernsthaft bemüht, die Einwände der Prüfungsabteilung auszuräumen, kann die mündliche Verhandlung abgesagt oder vertagt werden. Anderenfalls wird in der mündlichen Verhandlung eine Entscheidung getroffen, selbst wenn der Anmelder nicht an der Verhandlung teilnimmt. 
5.4.007
Hat der mit der Durchführung der Prüfung beauftragte Prüfer der Prüfungsabteilung Einwände zu der Anmeldung, so fordert er den Anmelder in einem ersten zu begründenden Bescheid zur Stellungnahme und gegebenenfalls zur Änderung der Beschreibung, der Patentansprüche und der Zeichnungen auf (vgl. 5.4.017 - 5.4.022).
Unterlässt es der Anmelder, innerhalb der gesetzten Frist auf diesen oder weitere Bescheide zu antworten, so gilt die Anmeldung als zurückgenommen (vgl. jedoch 5.10.007).
Der Anmelder kann zudem aufgefordert werden, Auskünfte über den Stand der Technik zu erteilen, der in nationalen oder regionalen Patentverfahren in Betracht gezogen wurde und eine Erfindung betrifft, die Gegenstand der europäischen Patentanmeldung ist. Übermittelt der Anmelder diese Angaben nicht innerhalb der angegebenen Frist, so gilt die europäische Patentanmeldung als zurückgenommen (vgl. jedoch 5.10.007). Es wird empfohlen, Recherchenergebnisse zu einer früheren Anmeldung, deren Priorität beansprucht wird, einzureichen, sobald sie vorliegen (vgl. 4.1.019).
5.4.008
Der Anmelder muss sich bemühen, auf alle Einwände des Prüfers einzugehen. Für das Prüfungsverfahren gilt nämlich der Grundsatz, dass die Entscheidung über die Erteilung eines Patents bzw. die Zurückweisung der Anmeldung in möglichst wenigen Arbeitsgängen zustande kommen sollte.  
Ist die Anmeldung nach Prüfung der Antwort des Anmelders noch nicht erteilungsreif, so wird das Prüfungsverfahren je nach Sachlage durch einen weiteren schriftlichen Bescheid oder durch eine per Videokonferenz durchgeführte oder ausnahmsweise eine telefonische Rücksprache mit dem Anmelder fortgesetzt.  
Eine Rücksprache kann auch als erste Aktion im Prüfungsverfahren gelten, die den ersten Prüfungsbescheid nach Artikel 94 (3) und Regel 71 (1), (2) ersetzt, wenn bestimmte Voraussetzungen erfüllt sind, nämlich a) eine Niederschrift erstellt wird, b) die Niederschrift den Gegenstand der Rücksprache mit demselben Informationsgehalt und derselben Struktur darlegt wie eine Mitteilung der Prüfungsabteilung und c) eine Erwiderungsfrist gesetzt wird, die nicht kürzer ist als vier Monate, sofern mit dem Anmelder nichts anderes vereinbart wird.
Der Anmelder kann jederzeit eine mündliche Verhandlung beantragen. In der Regel werden mündliche Verhandlungen vor Prüfungsabteilungen als Videokonferenz durchgeführt. 
E‑Mail ist nur zulässig zur Nachreichung von Unterlagen während Rücksprachen und mündlichen Verhandlungen. In allen anderen Fällen hat E-Mail in den Verfahren nach dem EPÜ keine Rechtskraft. 
5.4.009
Der Prüfer kann die übrigen Mitglieder der Prüfungsabteilung einbeziehen, wann immer es zweckmäßig ist. Er legt ihnen die Anmeldung spätestens dann vor, wenn ein Beschluss zu fassen ist.  
Ist die Prüfungsabteilung der Auffassung, dass ein europäisches Patent nicht erteilt werden kann, so weist sie die Anmeldung zurück. Die Entscheidung wird von der Prüfungsabteilung in ihrer Gesamtheit getroffen, wobei die Gründe für die Zurückweisung zu nennen sind. Zurückweisungen dürfen nur auf Gründe gestützt werden, zu denen sich der Anmelder äußern konnte.  
5.4.010
Entsprechen die Anmeldung und die Erfindung, die sie zum Gegenstand hat, den Erfordernissen des Übereinkommens, so beschließt die Prüfungsabteilung, ein Patent zu erteilen. 
5.4.011
Die Prüfungsabteilung teilt dem Anmelder mit, in welcher Fassung sie das europäische Patent zu erteilen beabsichtigt, und fordert ihn auf, innerhalb einer nicht verlängerbaren Frist von vier Monaten die Erteilungs- und Veröffentlichungsgebühr und etwaige noch nicht gezahlte Anspruchsgebühren für den 16. und jeden weiteren Patentanspruch zu entrichten sowie eine Übersetzung der Patentansprüche in den beiden Amtssprachen des EPA einzureichen, die nicht die Verfahrenssprache sind. Der Anmelder ist aufgefordert, in diesem Stadium auch die bibliografischen Daten zu überprüfen. 
Entrichtet der Anmelder die vorgeschriebenen Gebühren und reicht er die erforderlichen Übersetzungen der Patentansprüche fristgerecht ein, so gilt dies als Einverständnis mit der für die Erteilung vorgesehenen Fassung. Reagiert der Anmelder nicht auf die oben genannte Aufforderung, so gilt die Anmeldung als zurückgenommen (vgl. jedoch 5.10.007).
5.4.012
Es kann sein, dass der Anmelder nach Überprüfung der für die Erteilung vorgeschlagenen Fassung geringfügige Änderungen vornehmen möchte und/oder Fehler entdeckt. Er hat in diesem Fall Gelegenheit, innerhalb der nach Regel 71 (3) bestimmten Frist (vgl. 5.4.011) diese Änderungen oder Berichtigungen einzureichen. Stimmt die Prüfungsabteilung den Änderungen oder Berichtigungen zu, so erlässt sie eine neue Mitteilung nach Regel 71 (3). Sie kann dann ein Patent erteilen, sofern der Anmelder innerhalb der gesetzten Frist die Übersetzungen der Ansprüche eingereicht und die Erteilungs- und Veröffentlichungsgebühr entrichtet hat. Reicht der Anmelder Änderungen oder Berichtigungen und Übersetzungen der Ansprüche fristgerecht ein, ohne jedoch die Gebühren zu entrichten, oder reicht er keine Übersetzungen ein, so gilt die Anmeldung als zurückgenommen (vgl. jedoch 5.10.007).
5.4.013
Stimmt die Prüfungsabteilung den beantragten Änderungen oder Berichtigungen nicht zu, so nimmt sie das Prüfungsverfahren wieder auf. In Abhängigkeit von der Sachlage kann die Prüfungsabteilung z. B. eine Mitteilung nach Artikel 94 (3) und Regel 71 (1) und (2) erlassen, den Anmelder zur mündlichen Verhandlung laden oder die Anmeldung zurückweisen.
5.4.014
Räumt der Anmelder die erhobenen Einwände nicht aus, so muss die Prüfungsabteilung die Anmeldung nach Artikel 97 (2) zurückweisen, weil sie den Anforderungen des Übereinkommens nicht genügt. Entrichtet der Anmelder die Erteilungs- und Veröffentlichungsgebühr oder etwaige Anspruchsgebühren nicht, so gilt die Anmeldung als zurückgenommen (vgl. jedoch 5.10.007). Hat der Anmelder die oben genannten Gebühren hingegen entrichtet und wird letztendlich kein Patent erteilt, so wird die Erteilungs- und Veröffentlichungsgebühr zurückerstattet.
Der Anmelder muss auch fällige Jahres- und gegebenenfalls Zuschlagsgebühren entrichtet haben, ehe ein Patent erteilt werden kann (vgl. 5.9.001 ff.). Ist eine Jahresgebühr vor dem vorgesehenen Tag der Bekanntmachung des Hinweises auf die Erteilung des europäischen Patents fällig, so wird der Anmelder darauf hingewiesen. Der Hinweis auf die Erteilung wird erst bekannt gemacht, wenn die Jahresgebühr entrichtet ist. Werden die Jahres- und gegebenenfalls die Zuschlagsgebühr nicht rechtzeitig entrichtet, so gilt die Anmeldung als zurückgenommen.
5.4.015
Nach Versäumung der gemäß Regel 71 gesetzten Frist kann die Anmeldung gemäß Artikel 121 auf Antrag weiterbehandelt werden (vgl. 5.10.007).
5.4.016
Die Patenterteilung wird erst an dem Tag wirksam, an dem im Europäischen Patentblatt auf die Erteilung hingewiesen wird. Gleichzeitig mit der Bekanntmachung des Hinweises gibt das EPA eine europäische Patentschrift heraus, in der die Beschreibung, die Patentansprüche und gegebenenfalls die Zeichnungen enthalten sind. Die europäische Patentschrift und das Europäische Patentblatt werden elektronisch auf dem Publikationsserver des EPA veröffentlicht (www.epo.org).
Die Urkunde über das europäische Patent wird dem Patentinhaber in Papierform übermittelt. Außerdem erhält der Patentinhaber auf Antrag gegen Entrichtung einer Verwaltungsgebühr beglaubigte Abschriften der Urkunde mit beigefügter Patentschrift. 

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