Wie gehe ich bei bestimmten Szenarien der Konvertierung von ST.25 nach ST.26 vor?
1. Welchen "mol_type"-Qualifier sollte ich im Standard ST.26 für die Annotation von cDNA verwenden?
Beispiel: In der Stammanmeldung ist eine cDNA des Homo sapiens in einem ST.25-Sequenzprotokoll offenbart. Wie lässt sich dieses in das ST.26-Format konvertieren?
Grundsätzlich gilt: wenn es bei der Konvertierung von ST.25 nach ST.26 im ST.26-Standard keinen unmittelbar äquivalenten Qualifier oder Qualifier-Wert für eine bestimmte Annotation gibt, dann sollte ein allgemeinerer Qualifier oder Qualifier-Wert zusammen mit einem "note"-Qualifier verwendet werden, in den der Text aus dem ST.25-Sequenzprotokoll übernommen wird, um Änderungen des Offenbarungsgehalts zu vermeiden. Dies ist in Anhang VII des Standards ST.26 näher erläutert.
Einen Sonderfall bilden cDNAs: cDNA-Sequenzen gibt es in der Natur nicht, denn sie werden in vitro (durch reverse Transkription von mRNA) hergestellt. Sie sind also nicht "natürlich vorkommende", sondern künstlich hergestellte Sequenzen. Daher wird empfohlen, sie als synthetisches Konstrukt zu annotieren, und zwar durch die Werte "synthetic construct" für den "organism"-Qualifier und "other DNA" für den "mol_type"-Qualifier. Außerdem sollte ein "note"-Qualifier hinzugefügt werden, um zu definieren, dass die cDNA aus einer Homo-sapiens-Sequenz gewonnen wurde, und um eine Erweiterung des Schutzumfangs gegenüber der Stammanmeldung zu vermeiden.
Feature key : source
Qualifier : /organism=synthetic construct
/mol_type=other DNA
/note=Homo sapiens cDNA
Eine weniger gute Alternative wäre es, "unassigned DNA" als "mol_type"-Wert und "Homo sapiens" als "organism"-Wert zu verwenden. In diesem Fall muss ein "note"-Qualifier hinzugefügt werden, um anzugeben, dass das Molekül "cDNA" ist, und um eine Erweiterung des Schutzumfangs gegenüber der Stammanmeldung zu vermeiden.
Feature key : source
Qualifier : /organism=Homo sapiens
/mol_type=unassigned DNA
/note=cDNA
Beide Alternativen genügen dem Artikel 76 (1) EPÜ. Doch ist die erste zu bevorzugen, weil es sich bei cDNA um künstlich hergestellte Moleküle handelt.
2. Wie sollte ich miRNA oder siRNA im Standard ST.26 annotieren?
Bei der Wahl des mol_type "other RNA" (synthetisch) oder "unassigned RNA" (natürlich vorkommend) für den Merkmalschlüssel "source" ist als Erstes zu überlegen, ob das Molekül ein künstlich hergestelltes oder ein natürlich vorkommendes ist.
Ist die Sequenz synthetisch, sollte in einem "note"-Qualifier auch die konkrete Art des Moleküls (z. B. siRNA) angegeben werden.
Handelt es sich um eine natürlich vorkommende Sequenz, sollte ebenfalls der Merkmalschlüssel "ncRNA" mit dem obligatorischen Qualifier "ncRNA_class" verwendet werden. Der Wert für diesen Qualifier (z. B. miRNA oder siRNA) muss aus einer vordefinierten Liste ausgewählt werden. Gibt es die kurze RNA, die in der Stammanmeldung offenbart ist, in dieser Liste nicht, sollte als Wert "other" gewählt und der Wert in einem "note"-Qualifier hinzugefügt werden.
Beispiel 1: natürlich vorkommende miRNA
Feature key : source
Qualifier : /organism=Homo sapiens
/mol_type=transcribed RNA
Feature key : ncRNA
Qualifier : /ncRNA_class=miRNA
Beispiel 2: synthetische siRNA
Feature key : source
Qualifier : /organism=synthetic construct
/mol_type=other RNA
/note=siRNA
3. Wie konvertiere ich ein ST.25-Sequenzprotokoll, das Xaa- oder n-Reste enthält, in das ST.26-Format?
Im Standard ST.25 war die Annotation von Xaa- oder n-Resten obligatorisch. Im Standard ST.26 ist für nicht annotierte X- oder n-Reste eine Standardbedeutung definiert (siehe Standard ST.26, Anhang I, Abschnitte 1 und 2). Nach dem ST.26-Standard sollten X- oder n-Reste also nur dann annotiert werden, wenn sie in einer anderen als ihrer Standardbedeutung verwendet werden.
Die Konvertierung eines Sequenzprotokolls mit Xaa-Resten von ST.25 nach ST.26 ist im Standard ST.26, Anhang VII, Szenario 5 eingehend erläutert. Ähnliches gilt für Sequenzprotokolle mit n-Resten.
Wenn Sie für die Konvertierung eines ST.25-Sequenzprotokolls in das ST.26-Format das Software-Tool WIPO Sequence verwenden, werden die Annotationen aus dem Feld <223> in einen "note"-Qualifier übernommen, damit keine Informationen verloren gehen. Die Anmelder sollten diese Informationen in den zutreffenden ST.26-Qualifier kopieren. Anderenfalls kann es passieren, dass das Sequenzprotokoll zwar dem Artikel 76 (1) EPÜ genügt (vorausgesetzt sämtliche Informationen aus dem ST.25-konformen Sequenzprotokoll wurden in das ST.26-konforme übernommen), aber nicht in vollem Umfang dem Standard ST.26.
4. Wenn in einem ST.25-Sequenzprotokoll die einzelnen Reste einer hybriden DNA-/RNA-Sequenz nicht (alle) eindeutig als DNA oder RNA definiert sind, wie konvertiere ich diese Sequenz dann in das ST.26-Format?
In Fällen, in denen die Beschreibung und/oder ein früheres Sequenzprotokoll keine Informationen zur Angabe der Lage jedes einzelnen DNA- und RNA-Abschnitts enthält, könnte eine mögliche Darstellung des gemischten Moleküls wie folgt aussehen:
Der im ST.25-Sequenzprotokoll verwendete Wortlaut (hier z. B. "mixed DNA/RNA molecule") sollte in einen "note"-Qualifier kopiert werden, der mit einem "misc_feature" verknüpft ist.
Beispiel: Die als gemischtes DNA-/RNA-Molekül annotierte ST.25-Sequenz cccccccccccuggggggggggggg mit 25 Nucleotiden enthält an Position 12 ein RNA-Nucleotid "u". Alle anderen Nucleotide sind nicht näher definiert.
Sequenz im ST.26-Sequenzprotokoll:
ccccccccccctggggggggggggg
Feature key : source, position 1..25
Qualifier : /organism=synthetic construct
/mol_type=other DNA
Feature key : misc_feature, position 1..11
Qualifier : /note=mixed DNA/RNA molecule
Feature key : misc_feature, position 12
Qualifier : /note= RNA
Feature key : misc_feature, position 13..25
Qualifier : /note=mixed DNA/RNA molecule
5. Wie konvertiere ich ein ST.25-Sequenzprotokoll, das kurze Sequenzen enthält, in das ST.26-Format?
Kurze Sequenzen (mit weniger als vier genau definierten Aminosäuren oder zehn genau definierten Nucleotiden) können in einem ST.26-Sequenzprotokoll nicht vorkommen und müssen durch Codes für absichtlich übersprungene Sequenzen ersetzt werden. Wenn Sie das WIPO Sequence-Softwaretool verwenden, um ein ST.25-Sequenzprotokollformat in das ST.26-Sequenzprotokollformat zu konvertieren, werden die sogenannten Kurzsequenzen automatisch ersetzt.
Damit keine Informationen verloren gehen, sollte unbedingt gründlich überprüft werden, welche Sequenzen übersprungen und folglich gelöscht wurden (auch wenn die SEQ-ID-Nummern beibehalten wurden). Außerdem sollte sichergestellt werden, dass diese übersprungenen/gelöschten kurzen Sequenzen in der Beschreibung der Anmeldung offenbart sind oder gegebenenfalls in die Beschreibung aufgenommen werden.